jpplantnames • jpplantnames

jpplantnames は、JBIF が公開する「維管束植物和名チェックリスト ver. 1.10」を利用して、和名から学名を調べるための非公式 R パッケージです。

ドキュメントサイト: https://maple60.github.io/jpplantnames/

English README: https://maple60.github.io/jpplantnames/

インストール

# install.packages("pak")
pak::pak("maple60/jpplantnames")

すぐに使う

library(jpplantnames)

japanese_name_info("コナラ")

scientific_name("コナラ")
#> [1] "Quercus serrata"

scientific_name("コナラ", with_author = TRUE)
#> [1] "Quercus serrata Murray"

japanese_name_search("コナラ")

最初にチェックリストデータが必要になった時点で、Excel ファイルをユーザーの R キャッシュへダウンロードします。その後の scientific_name()、japanese_name_search()、 japanese_name_load() はローカルのキャッシュファイルを読むため、検索のたびに外部サーバーへ問い合わせることはありません。キャッシュを明示的に更新したい場合は次のようにします。

japanese_name_download(overwrite = TRUE)
japanese_name_load(refresh = TRUE)

gbif_match() は別扱いで、実行時に GBIF API へ問い合わせます。

和名から情報をまとめて確認したい場合は、便利な入口として japanese_name_info() が使えます。既定ではキャッシュ済みのチェックリストデータだけを使います。WFO や GBIF の確認は任意で、外部データベースの内容や API の利用可否に依存します。

japanese_name_info("コナラ", wfo = TRUE)
japanese_name_info("コナラ", wfo = TRUE, gbif = TRUE)

ガイド

国際的な学名確認

gbif_match() は GBIF species match API を呼び出す薄い補助関数です。チェックリストから得た学名を国際的な生物多様性データソースで確認したい場合に使います。

gbif_match("Quercus serrata")

WFO Plant List checks

scientific_name() はチェックリストの学名を返します。wfo_suggest() は WFO の候補名を確認し、 wfo_accepted_name() は WFO 上での採用名の解釈を 1 行にまとめます。これらの関数はチェックリストの結果を自動で置き換えません。WFO API は小規模な対話的確認に使い、大きな処理ではキャッシュを使い、使った WFO のリリースやバージョンを記録してください。

sci <- scientific_name("コナラ")
sci
#> [1] "Quercus serrata"

wfo_suggest(sci)
wfo_accepted_name(sci)

データソースと引用

jpplantnames は「維管束植物和名チェックリスト ver. 1.10」を lookup source として使います。このチェックリストには YList 由来・更新データが含まれますが、jpplantnames は JBIF、YList、またはチェックリスト著者の公式パッケージではなく、承認・推奨されたものでもありません。

チェックリストに基づく結果を利用する場合は、チェックリストを引用してください。

山ノ内崇志・首藤光太郎・大澤剛士・米倉浩司・加藤将・志賀隆. 2019. 「維管束植物和名チェックリスト」 (https://gbif.jp/activities/checklist/wamei_checklist_110)

このパッケージのコードは MIT ライセンスです。ただし、チェックリストデータはパッケージに同梱しておらず、このパッケージのライセンス対象ではありません。

旧 academic_name() と ylist_*() 関数名は、互換性のため非推奨ラッパーとして残しています。