おすすめ

おすすめのツール、サービス、R パッケージ、Zotero プラグイン、本の一覧。

ノート

English version: Recommendations

個人で使っている、または後で参照したいツール・サービス・本を用途別にまとめています。 オンラインで利用できるものを中心に、随時更新します。

ツール・サービス

ノート・文献管理

• Obsidian: Markdown 形式でノートを取れるノートアプリ。リンク機能やタグ機能が充実している。
• Zotero: 参考文献管理ツール。
• Elicit: AI を活用したリサーチツール。文献検索や要約などに利用できる。
• Google Scholar | Labs: Google Scholar の実験的な検索機能。
• Undermind: 研究文献を探索するための AI 検索ツール。
• ResearchRabbit: 文献同士の関係をグラフで可視化し、関連文献を探しやすくするツール。

開発・ドキュメント作成

• GitHub: ソースコード管理とプロジェクト公開のためのサービス。
• Quarto: ドキュメント作成ツール。R Markdown の後継として利用している。
• Positron: データサイエンス向け IDE。最近は RStudio よりもこちらを使うことが多い。

情報収集・タスク管理

• Raindrop.io: ブックマーク管理ツール。
• Karakeep: セルフホストできるブックマーク管理ツール。Raindrop.io の代替候補として導入したが、まだ十分には活用できていない。
• VisiOS: ブックマークやタブの管理ツール。
• Inoreader: RSS リーダー。
• Todoist: タスク管理ツール。

画像・動画・配信

• Eagle: 画像管理ツール。画像をタグで管理できる。
• Affinity: 画像や写真の編集ソフト。Adobe Photoshop や Illustrator の代替として利用できる。
• Kdenlive: 動画編集ソフト。
• OBS Studio: 画面録画・配信用ソフト。
• Keyviz: オープンソースのキーボードビジュアライザー。

セキュリティ・ネットワーク

• Bitwarden: パスワード管理ツール。
• Proton Mail: セキュアなメールサービス。
• Proton Authenticator: 2 段階認証アプリ。
• Tailscale: VPN サービス。
• NordVPN: VPN サービス。Proton VPN への乗り換えを検討中。
• RustDesk: リモートデスクトップソフト。AnyDesk の代替。
• Brave: プライバシー重視のウェブブラウザ。
• Element: オープンソースのチャットアプリ。Matrix プロトコルを使用。

AI

• LM Studio: ローカルで動作する AI チャットツール。ローカル LLM を試すときに便利。

R パッケージ

• tmap: 地図の作成に特化した R パッケージ。地理空間データの可視化に便利。
• rnaturalearth: 自然地理データを提供する R パッケージ。世界の国境や地形などを簡単に取得できる。
• cols4all: カラーパレットを提供する R パッケージ。色覚多様性に配慮したカラーパレットも利用できる。

Zotero プラグイン

• Better BibTeX for Zotero: Obsidian など外部ソフトウェアとの連携に便利。
• Ethereal Style: Zotero の UI を拡張するプラグイン。
• ZotCard: カード形式のメモやメモテンプレートを作成できるプラグイン。
• Zotero Reading List: 未読・既読・途中など、文献の閲覧状況を管理するプラグイン。
• ZotSeek: 類似文献の検索を補助するプラグイン。
• Zotero Better Notes: Zotero のメモ機能を強化するプラグイン。
• Zotodo: Todoist などのタスク管理アプリと Zotero を連携するプラグイン。
• Zotero Reference: 引用文献へのアクセスや文献リスト作成を補助するプラグイン。

本・オンライン教材

植物・形態

• Manual of Leaf Architecture: 葉の形態に関するマニュアル。葉の形態を理解するための基本的な知識がまとまっている。ライセンスは CC BY-NC 4.0。
• Contributions to Morphometrics: 形態測定学に関する古典的な資料。

R

オンラインで読める R 関連の良質な本です。

• R for Data Science (2e): R を使ったデータサイエンスの入門書。データの取り扱い、可視化、モデリングなどが網羅されている。ライセンスは CC BY-NC-ND 3.0。
• R Graphics Cookbook, 2nd edition: R のグラフィックスに関するレシピ集。ggplot2 を使ったグラフの作成方法が豊富に紹介されている。
• Cookbook for R: R の様々なタスクに関するレシピ集。ライセンスは CC0。
• Tidy Modeling with R: tidymodels を使ったモデリングの入門書。
• Efficient R programming: R を効率よく書くための実践的な本。
• Big Book of R: R 関連のオンライン教材を集めたリンク集。
• Mastering Shiny: Hadley Wickham 氏による Shiny の入門書。
• Deep Learning with R: R で深層学習を扱うための本。
• blogdown: Creating Websites with R Markdown: blogdown を使ったウェブサイト作成の本。
• Mastering Spark with R: R から Spark を扱うための本。
• R Packages (2e): R パッケージ開発の入門書。
• ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (3e): ggplot2 の入門書。

Python

• Think Python: Python の入門書。
• Think Python, 2nd edition: Think Python の第 2 版。
• Cracking Codes with Python: 暗号を題材に Python を学ぶ本。
• Beyond the Basic Stuff with Python: Python の基礎の次に読む本。
• The Big Book of Small Python Projects: 小さな Python プロジェクトを通して学ぶ本。
• Python for Data Analysis, 3E: pandas を中心としたデータ分析の定番書。
• データ分析のための統計学入門: データ分析に必要な統計学の入門資料。
• IPython Cookbook, Second Edition: IPython と Python の実践的なレシピ集。
• Automate the Boring Stuff with Python: Python による自動化の入門書。

統計・可視化・コンピュータサイエンス

• An Introduction to Statistical Learning: 統計学習の入門書。
• Fundamentals of Data Visualization: データ可視化の基本原則を解説した本。ライセンスは CC BY-NC-ND 4.0。
• Think Bayes 2: ベイズ統計の入門書。
• Think Stats, 3rd edition: 統計の基礎を Python で学ぶ本。
• Foundations of Computer Vision: コンピュータビジョンの基礎を解説した本。
• Open Data Structures: データ構造の入門書。