おすすめ
ここでは、私のおすすめをまとめます。 主にオンライン上で利用できるものが中心です。
随時更新していく予定です。
ツール
- Obsidian: ノートアプリ。Markdown形式でノートを取ることができ、リンク機能やタグ機能などが充実している。
- Zotero: 参考文献管理。
- GitHub: ソースコード管理。
- Quarto: ドキュメント作成ツール。R Markdownの後継。
- Positron: データサイエンスのためのIDE。RStudioよりも最近はこちらを使うことが多い。
- eagle: 画像管理ツール。画像をタグで管理できる。
- VisiOS: ブックマークやタブの管理ツール
- Raindrop.io: ブックマーク管理ツール
- Kdenlive: 動画編集ソフト
- Affinity: 画像や写真の編集ソフト。Adobe PhotoshopやIllustratorの代替。
- OBS Studio: 画面録画ソフト
- Todoist: タスク管理ツール
- Inoreader: RSSリーダー
- Bitwarden: パスワード管理ツール
- Tailscale: VPNサービス
- Proton Mail: セキュアなメールサービス
- Keyvis: オープンソースのキーボードビジュアライザー
- Proton Authenticator: 2段階認証アプリ
- Rustdesk: リモートデスクトップソフト。Anydeskの代替。
- Brave: プライバシー重視のウェブブラウザ
- Element: オープンソースのチャットアプリ。Matrixプロトコルを使用。
- Karakeep: ブックマーク管理ツール。セルフホストでRaindrop.ioの代替として導入したが、あまり活用できていない
- NordVPN: VPNサービス。Proton VPNに乗り換えを検討中。
- LM Studio: ローカルで動作するAIチャットツール。ChatGPTの代替。
文献関係
- Elicit: AIを活用したリサーチツール。文献検索や要約などが可能。
- Google Scholar | Labs
- Undermind
- ResearchRabbit: 文献間の関係を可視化するツール。文献の関連性をグラフで表示し、関連する文献を見つけやすくする。
Rパッケージ
- tmap: 地図の作成に特化したRパッケージ。地理空間データの可視化に便利。
- rnaturalearth: 自然地理データを提供するRパッケージ。世界の国境や地形などのデータを簡単に取得できる。
- cols4all: カラーパレットを提供するRパッケージ。色覚多様性に配慮したカラーパレットも利用できる。
Zoteroプラグイン
- Better BibTeX for Zotero: 外部ソフトウェア(Obsidianなど)との連携に
- Ethernal Style: UI(見た目)の強化
- ZotCard: カード形式のメモ、メモテンプレート作成
- Zotero Reading List: 閲覧状況の管理(未読・既読・途中など)
- ZotSeek: 類似文献の検索
- Zotero Better Notes: メモ機能強化
- Zotodo: Todo管理アプリTodoistとの連携
- Zotero Reference: 引用文献への簡単アクセス、文献リスト作成
本
植物
- Manual of Leaf Architecture: 葉の形態に関するマニュアル。葉の形態を理解するための基本的な知識が詰まっている。Smithsonian Libraries and Archivesで無料で閲覧できる。ライセンスはCC BY-NC 4.0。
R
オンライン上で読める良質なRの本がいくつかあるので紹介します。
- R for Data Science (2e): Rを使ったデータサイエンスの入門書。データの取り扱いや可視化、モデリングなどが網羅されている。オンラインで無料で閲覧できる。ライセンスはCC BY-NC-ND 3.0。
- R Graphics Cookbook, 2nd edition: Rのグラフィックスに関するレシピ集。ggplot2を使ったグラフの作成方法が豊富に紹介されている。オンラインで無料で閲覧できる。
- Cookbook for R: Rの様々なタスクに関するレシピ集。ライセンスはCC0。
- Tidy Modeling with R
- Efficient R programming
- Big Book of R
- Mastering Shiny: Hadley Wickham氏によるShinyの入門書。
- Deep Learning with R
- blogdown: Creating Websites with R Markdown
- Mastering Spark with R
- R Packages (2e): Rのパッケージ開発の入門書。
- ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (3e): ggplot2の入門書。
Python
- Think Python
- Think Python, 2nd edition
- Cracking Codes with Python - Invent with Python
- Beyond the Basic Stuff with Python - Invent with Python
- The Big Book of Small Python Projects - Invent with Python
- Python for Data Analysis, 3E
- データ分析のための統計学入門
- IPython Cookbook, Second Edition (2018)
- Automate the Boring Stuff with Python
その他
- Fundamentals of Data Visualization: データ可視化の基本原則を解説した本。データを効果的に伝えるための方法が紹介されている。オンラインで無料で閲覧できる。ライセンスはCC BY-NC-ND 4.0。
- Think Bayes 2
- Think Stats, 3rd edition
- Foundations of Computer Vision: コンピュータビジョンの基礎を解説した本。
- Open Data Structures
- Contributions to morphometrics - Biodiversity Heritage Library